После окончания средней школы в 1982 году жил в Чернигове, где проходил послушание иподиакона у архиепископа Черниговского и Нежинского Антония.
По завершении службы в рядах Вооруженных сил в 1985-1988 гг. учился в Московской духовной семинарии.
4 января 1987 г. в Свято-Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры инспектором МДС архимандритом Венедиктом (Князевым) пострижен в монашество с именем Стефан в честь первомученика архидиакона Стефана.
14 января 1987 г. в Покровском академическом храме ректором Московских духовных школ архиепископом Дмитровским Александром рукоположен во иеродиакона, 3 июня — во иеромонаха в церкви в честь Смоленской иконы Божией Матери в Троице-Сергиевой лавре.
С 1987 г. по октябрь 1988 г. служил в Свято-Николаевском храме д. Работин Коропского р-на Черниговской обл., затем по май 1990 г. нес различные послушания в Киево-Печерской лавре, с мая по сентябрь 1990 г. был настоятелем Свято-Николаевской церкви в д. Сварычевка Игнянского р-на Черниговской обл.
1 ноября 1990 г. переведен в Гомельскую епархию и назначен настоятелем Свято-Покровского храма в с. Корма Добрушского р-на Гомельской обл. Здесь в 1991 г. были обретены мощи святого праведного Иоанна (Гашкевича), чудотворца Кормянского, причисленного к лику местночтимых святых 30 апреля 1998 г. Обретение мощей совпало с приездом в Гомель Святейшего Патриарха Алексия II в дни первого визита Его Святейшества в Беларусь.
13 января 1994 г. возведен в сан игумена, 14 октября 1997 г. — в сан архимандрита.
22 декабря 1998 г. назначен благочинным Добрушско-Кормянского церковного округа. Став местом паломничества, Свято-Покровский приход в Корме в 2000 г. был преобразован в Иоанно-Кормянский женский монастырь, а архимандрит Стефан назначен его строителем. В период своего пастырского служения архимандрит Стефан создал Службу с акафистом святому праведному Иоанну Кормянскому и акафист преподобному Лаврентию Черниговскому.
В 2002 г. окончил Киевскую духовную академию.
Постановлением Священного Синода от 24 декабря 2004 г. определен епископом Туровским и Мозырским.
29 января 2005 г. в Петро-Павловском соборе г. Гомеля наречен, а 30 января — хиротонисан во епископа Туровского и Мозырского. Хиротонию совершили: митрополит Минский и Слуцкий Филарет, архиепископы Уральский Антоний, Витебский Димитрий, Пинский Стефан, Гомельский Аристарх, епископы Бобруйский Петр, Гродненский Артемий, Новогрудский Гурий, Полоцкий Феодосий, епископы Черниговский Амвросий, Васильковский Пантелеимон, Могилевский Софроний, Брестский Иоанн.
Решением Синода БПЦ от 12 января 2012 г. (журнал № 150) назначен председателем Комиссии по канонизации святых Белорусской Православной Церкви.
Решением Священного Синода Русской Православной Церкви от 07 июня 2012 года определен епископом Гомельским и Жлобинским.
1 февраля 2018г. возведен в сан архиепископа, соответствующий указ огласил патриарх Московский и всея Руси Кирилл в храме Христа Спасителя за Божественной литургией в девятую годовщину интронизации.

Образование:
1988 г. — Московская духовная семинария.
2002 г. — Киевская духовная академия.